Um die Synchronisation komplett neu zu erstellen ist ein Trennen und wieder Zusammenführen notwendig.
Ich hab so etwas vor längerer Zeit mal mit TMPGEnc gemacht. Hierbei werden der Audio-Stream, sowie der Video-Stream getrennt (Demultiplexed) und anschließend wieder Synchron zusammen gepackt (Multiplexed). Das hört sich jetzt kompliziert an, aber so schlimm ist es gar nicht.