Probleme mit Dualboot

Hallo!
Habe folgendes Problem.
Rechner mit zwei Festplatten, einmal 160 GB und einmal 20 GB.
Auf der großen windows 98 (C)und danach 2000 (i) mit NTFS installiert. Auf der kleinen nur 98(F).
Per 2000 er Startoption kann ich 98 oder 2000 vorwählen, was auch funktioniert.
Nun habe ich auf der installierten 98 er auf der großen Platte ein Problem mit dem Internetzugang, weil nicht alle Seiten einwandfrei laufen.
Habe nun per True Image die Windows 98 Version der kleinen Platte aufgespielt.
Nun startet der Rechner jedoch gleich durch auf die 98 er Version ohne Startoption.
Habe bereits diverse Systemdateien in C kopiert (ntl... und andere) ohne Erfolg.
Ich denke daß es der fehlende Bootsektor auf C ist.
Gleiches Ergebnis übrigens auch mit OS Selektor als Boot Manager.
Könnte es eine Lösung sein die Grundversion 2000 neu zu installieren (Bootsektoreintrag bei 98) und dann die gesicherte 2000er Komplettversion per Truimage zurückzuspielen.
oder gibt es eine Möglichkeit den Eintrag anders zu erzeugen, falls diese der Grund ist.
Vielleicht kann mir einer einen guten Tipp geben.

Dann werde ich lauffähige 98 er Version auf C installieren und danach hieraus 2000 er Grundversion neu auf I installieren mit Dualboot.
Meine Unsicherheit besteht nur darin, daß ich dann die gesicherte 2000 er Komplettversion per True Image auf I zurückspielen kann und diese dann vom Startsystem akzeptiert wird, um mir die Arbeit der kompletten Neuinstallation zu ersparen.